L’ISTOM forme des ingénieurs spécialisés dans l’agro-développement international. Ce cursus de 5 ans offre une formation pluridisciplinaire qui concilie sciences agronomiques et sciences socio-économiques dans un premier cycle de 3 ans, le second cycle quant à lui est dédié à l’approfondissement des sciences de l’ingénieur et à leur mise en pratique dans le cadre des projets de développement. Sa vocation est de préparer ses futurs ingénieurs à la conception, la mise en œuvre et la gestion de projets de développement agro-économique dans les Pays en développement.
Avec une  formation, centrée autour de l’approche systémique, qui vise à conceptualiser les contraintes et les problématiques de développement pour que les futurs ingénieurs soient en capacité de mobiliser les meilleurs outils nécessaires pour qu’ils puissent comprendre leur environnement et effectuer des choix pertinents.